Прошло 5 лет с тех пор, как Бен Тенннисон нашел инопланетные часы Омнитрикс и превратился в супер-героя. Теперь Бену 15 лет, и он обычный подросток, который давно уже не надевал Омнитрикс. Его приключения и превращения в супер-героев остались в прошлом. После победы над злым Вилгаксом Бен снял свои супер-часы и с тех пор не прибегал к их помощи. Меньше всего Бену хочется снова попасть в опасное приключение, но неожиданно он узнает, что дедушка Макс пропал.

Он спешит рассказать об этом своей кузине Гвен. Бен решает снова надеть Омнитрикс и выяснить, куда исчез дедушка Макс. Бен и Гвен начинают расследование и обнаруживают, что инопланетяне снова строят коварные планы. Новая инопланетная раса хочет уничтожить жизнь не только на Земле, но и во всей Галактике.